離子交換介質首先要考慮目的分子的大小，因為目的分子會影響其接近介質上的帶電功能集團，因此也會影響介質對目的分子的動力載量，從而影響其分離。對于大多數純化步驟來說，建議從開始的階段使用強離子交換柱，可在摸索方法的過程中有一個寬的pH 范圍。對于已知等電點的蛋白質，可根據其等電點來選擇。而未知等電點的蛋白質，在實際操作中常采用這樣的方法，先選擇一個陰離子交換劑，再選擇一個中性的pH緩沖液，將蛋白質樣品透析至pH7.0，然后過陰離子交換柱。根據過柱后的結果確定下一個使用的緩沖液pH。
