HSCCC是利用溶質在不同溶劑中的分配的分配系數不同進行分離的，所以在溶劑選擇時要重點考慮溶質在兩溶劑中的分配系數，那么其分離物質的關鍵是溶劑系統的選擇。對于分離的溶劑體系, 應該滿足以下幾方面的要求：1)不造成樣品的分解與變性，且不與之發生反應；2)對樣品有足夠高的溶解度；3)樣品在溶劑體系中有合適的分配系數值(K應在0.5-2之間)；4)溶劑體系的各組分應分成體積比例適合的兩相, 以免浪費溶劑；5)固定相能實現足夠高的保留，且要滿足一定的要求(保留值越大峰形越好)。因而準確測定待分離組分在兩相中的分配系數，便可選擇出合適的溶劑系統。
常見的溶劑體系按極性分類有以下幾種：1) 強極性溶劑體系；2) 中等極性溶劑體系；3) 弱極性溶劑體系；4) 極弱極性體系(無水體系)；5）加酸體系等。這五種溶劑體系分別可以用于分離相應性質的天然產物。