使產品的質量和產量達到最高，并設法降低生產成本，這是酶反應器設計的基本原則。酶反應器設計的原理及內容包括：提高酶的比活力和濃度；實現更方便的酶反應過程調控；創造更好的無菌控制條件；克服影響速度的限制因素。除此以外，一般表示物料平衡、熱量平衡、反應動力學以及流動特性等的各種關系式都可以同時應用于反應器的設計。
表示酶反應器性能的參數常有四種：
①生產力，它指的是每小時每升反應器所生產的產品質量(g)。
②產品轉化率。它指的是每克底物中有多少克轉化成產物。
③酶的催化率，它指的是每克酶所能生產的產品質量(g)。
④產物濃度和底物停留時間，產物濃度是影響產物回收成本的關鍵因素，降低流速或者增加酶濃度可以提高產物濃度．其次，降低底物在反應器內停留的時間可以提高反應器的生產能力。
酶反應器性能評價應盡可能在接近生產條件下進行，主要評價指標有以下幾個：[3]
空時
空時是指底物在反應器中的停留時間，在數值上等于反應器體積與底物體積流速之比，常稱為稀釋率。當底物或產物不穩定或容易產生副產物時，應使用高活性酶，盡可能縮短反應物在反應器內的停留時間。
轉化率
轉化率也稱轉化分數，是指底物中發生轉變的分量。
生產強度
每小時每升反應器體積所生產的產品質量(g)。主要取決于酶的特性和濃度及反應器的特性和操作方法等。好的酶反應器應該是空時少、轉化率高、生產強度大。