常見的病原體有肺炎鏈球菌、結核分枝桿菌、流感嗜血桿菌、嗜肺軍團菌、白色念珠菌、肺炎支原體和呼吸道病毒。
為區分痰液中分離到的微生物是病原菌還是上呼吸道的正常菌群，一般需連續3次培養，如3次均為同一微生物，常作為病原菌；
如痰液中培養出結核分枝桿菌、放線菌、奴卡菌及嗜肺軍團菌，具有臨床意義；
如分離出流感嗜血桿菌、念珠菌、肺炎支原體等鼻咽腔正常菌群，則視微生物的數量進行判別。
寄生蟲學檢查：阿米巴滋養體見于阿米巴病；肺吸蟲卵見于肺吸蟲病：肺抱子蟲卵見于肺抱子蟲病。
