1、溫度：
溫度對厭氧微生物的影響尤為顯著；厭氧細菌可分為嗜熱菌（或高溫菌）、嗜溫菌（中溫菌）；相應地，厭氧消化分為：高溫消化（55°C左右）和中溫消化（35°C左右）；化的反應速率約為中溫消化的1.5~1.9倍，產氣率也較高，但氣體中甲烷含量較低；當處理含有病原菌和寄生蟲卵的廢水或污泥時，高溫消化可取得較好的衛生效果，消化后污泥的脫水性能也較好；隨著新型厭氧反應器的開發研究和應用，溫度對厭氧消化的影響不再非常重要（新型反應器內的生物量很大），因此可以在常溫條件下（20~25°C）進行，以節省能量和運行費用。
2、pH值和堿度：
pH值是厭氧消化過程中的最重要的影響因素；重要原因：產甲烷菌對pH值的變化非常敏感，一般認為，其最適pH值范圍為6.8~7.2，在<6.5或>8.2時，產甲烷菌會受到嚴重抑制，而進一步導致整個厭氧消化過程的惡化；厭氧體系中的pH值受多種因素的影響：進水pH值、進水水質（有機物濃度、有機物種類等）、生化反應、酸堿平衡、氣固液相間的溶解平衡等；厭氧體系是一個pH值的緩沖體系，主要由碳酸鹽體系所控制；一般來說：系統中脂肪酸含量的增加（累積），將消耗?HCO3，使pH下降；但產甲烷菌的作用不但可以消耗脂肪酸，而且還會產生?HCO3，使系統的pH值回升。堿度曾一度在厭氧消化中被認為是一個至關重要的影響因素，但實際上其作用主要是保證厭氧體系具有一定的緩沖能力，維持合適的pH值；厭氧體系一旦發生酸化，則需要很長的時間才能恢復。
3、氧化還原電位：
嚴格的厭氧環境是產甲烷菌進行正常生理活動的基本條件；非產甲烷菌可以在氧化還原電位為+100~-100mv的環境正常生長和活動；產甲烷菌的最適氧化還原電位為-150~-400mv，在培養產甲烷菌的初期，氧化還原電位不能高于-330mv；
4、營養要求：
厭氧微生物對N、P等營養物質的要求略低于好氧微生物，其要求COD：N：P=200：5：1；多數厭氧菌不具有合成某些必要的維生素或氨基酸的功能，所以有時需要投加：①K、Na、Ca等金屬鹽類；②微量元素Ni、Co、Mo、Fe等；③有機微量物質：酵母浸出膏、生物素、維生素等。
5、F/M比：
厭氧生物處理的有機物負荷較好氧生物處理更高，一般可達5~10kgCOD/m3.d，甚至可達50~80kgCOD/m3.d；無傳氧的限制；可以積聚更高的生物量。產酸階段的反應速率遠高于產甲烷階段，因此必須十分謹慎地選擇有機負荷；高的有機容積負荷的前提是高的生物量，而相應較低的污泥負荷；高的有機容積負荷可以縮短HRT，減少反應器容積。
6、有毒物質：
——常見的抑制性物質有：硫化物、氨氮、重金屬、氰化物及某些有機物；
①硫化物和硫酸鹽：硫酸鹽和其它硫的氧化物很容易在厭氧消化過程中被還原成硫化物；可溶的硫化物達到一定濃度時，會對厭氧消化過程主要是產甲烷過程產生抑制作用；投加某些金屬如Fe可以去除S2-，或從系統中吹脫H2S可以減輕硫化物的抑制作用。
②氨氮：氨氮是厭氧消化的緩沖劑；但濃度過高，則會對厭氧消化過程產生毒害作用；抑制濃度為50~200mg/l，但馴化后，適應能力會得到加強。
③重金屬：——使厭氧細菌的酶系統受到破壞。
④氰化物
⑤有毒有機物