該方法在油溶液包裹的水滴中擴增DNA（即emulsion PCR）,每一個水滴中開始時僅包含一個包被大量引物的磁珠和一個鏈接到微珠上的DNA模板分子（控制DNA濃度出現的大概率事件）。將emlusion PCR產物加載到特制的PTP板上，板上有上百萬個孔，每個微孔只能容納一個磁珠。DNA Polymerase在將一個dNTP聚合到模板上的時候，釋放出一個PPi（焦磷酸分子）；在ATP-Sulfurylase（ATP硫酸化酶）催化下，PPi與APS生成一個ATP分子；ATP分子在Luciferase（熒光素酶）的作用下，將luciferin（熒光素）氧化成oxy luciferin，同時產生的可見光被CCD光學系統捕獲，獲得一個特異的檢測信號，信號強度與相應的堿基數目成正比。通過按順序分別并循環添加四種dNTP，讀取信號強度和發生時間，實現DNA序列測定。這一技術的讀長和每一堿基耗費都介于Sanger法測序和Solexa和SOLiD方法之間。