歷史：1936年F. M. Burnet發表了噬菌體能產生突變體的觀點,其噬菌斑的外形和野生型的有明顯區別,可惜未能引起重視,以致噬菌體遺傳學延遲了十幾年才得以建立。
1946年第11屆冷泉港學術討論會上,在宣布一基因一酶學說的勝利,及Ledernerg、Tatum細菌雜交實驗報告的同時,Hershey和Luria宣布發現了噬菌體的r,h突變,Delbrück和Hershey發表了他們各自發現的噬菌體重組,這四項重大的發現分別在1958年和1969年獲得了諾貝爾獎。后兩項的發現有力地推動了噬菌體遺傳學的發展。
噬菌體的基因重組和細菌不同,而和真核的重組十分相似。雜交是用標記不同的噬菌體之間進行。然后計算重組噬菌體占總的子代噬菌體的比例來確定重組值。一般可以選用2－4個基因差異的噬菌體來混合感染細菌。首先把不同類型的噬菌體混合起來和細菌一起涂布在固體培養基上,細菌的濃度要達到可以長成菌苔（lawn）的水平,噬菌體的濃度要很稀。每個噬菌體感染一個細菌,經過裂解周期,宿主細胞破裂后,釋放出的子噬菌體又去感染周圍的細菌,結果在菌苔上形成一個圓形清亮的斑,稱為噬菌斑（plaque）,而一個噬菌斑來自最初涂布平板時的一個噬菌體。噬菌斑的形態必須選擇容易區別的,以表示噬菌體的相應表型。單個的噬菌體只能在電鏡下才可觀察其形態,突變引起其形態變化沒有電鏡是無法鑒別的,但突變影響到生活周期,會產生不同的噬菌斑,因此通過噬菌斑的觀察我們很容易觀察基因型的變化與重組。
Hershey等用T2噬菌體的兩個不同表型特征：噬菌斑的形態和宿主范圍來進行雜交。一個噬菌體的基因型是h+r,另一個噬菌體的基因型是h r+。h+表示宿主范圍（hostrange）,是野生型,能在E.coliB菌株上生長,r 表示快速溶菌（rapid lysis）,產生的噬菌斑大,邊緣清楚。h噬菌體能在E.coli B和B/2品系上生長,r+產生小而邊緣模糊的噬菌斑,能產生透明的噬菌斑,而h+因只能裂解E.coli B,所以在B和B/2的混合菌上產生的噬菌斑是半透明的。
雜交時hr+和h+r混合感染E.coli B和B/2,在B和B/2混合菌苔上出現了四種噬菌斑,表明h r+ 和h+r之間有一部分染色體在B菌株的細胞中進行了重組,釋放出的子噬菌體有一部分的基因型為h+r+和h r。我們利用下面的公式就可以計算出和兩個位點的重組值：
重組值=（h+r++h r）/總噬菌斑數×100%
此重組值也表示兩個連鎖基因之間的遺傳距離。