抗凝血酶Ⅲ（antithrombin Ⅲ,AT Ⅲ）。AT Ⅲ是凝血酶及因子Ⅻα、Ⅺα、Ⅸα、Ⅹα等含絲氨酸的蛋白酶的抑制劑。它與凝血酶通過精氨酸-絲氨酸肽鍵相結合。形成AT Ⅲ凝血酶復合物而使酶滅活,肝素可加速這一反應達千倍以上。肝素與AT Ⅲ所含的賴氨酸結合后引起AT Ⅲ構象改變,使AT Ⅲ所含的精氨酸殘基更易與凝血酶的絲氨酸殘基結合。一旦肝素-AT Ⅲ凝血酶復合物形成,肝素就從復合物上解離,再次與另一分子AT Ⅲ結合而被反復利用。AT Ⅲ-凝血酶復合物則被網狀內皮系統所消除。抑制凝血酶活性的作用與肝素分子長度有關。分子越長則酶抑制作用越大。