為了確定探針是否與相應的基因組DNA雜交,有必要對探針加以標記,以便在結合部位獲得可識別的信號,通常采用放射性同位素32P標記探針的某種核苷酸α磷酸基。但近年來已發展了一些用非同位素如生物素-親合素系統、地高辛配體等作為標記物的方法。非同位素標記的優點是保存時間較長,而且避免了同位素的污染。最常用的探針標記法是缺口平移法(nick translation)。首先用適當濃度的DNA酶Ⅰ（DNAseⅠ）在探針DNA雙鏈上造成缺口,然后再借助于DNA聚合酶Ⅰ（DNa poly merasⅠ）的5’→3’的外切酶活性,切去帶有5’磷酸的核苷酸；同時又利用該酶的5’→3’聚酶活性,使32P標記的互補核苷酸補入缺口,DNA聚合酶Ⅰ的這兩種活性的交替作用,使缺口不斷向3’的方向移動,同時DNA鏈上的核苷酸不斷為32P標記的核苷酸所取代。
探針的標記也可以采用隨機引物法,即向變性的探針溶液加入6個核苷酸的隨機DNA小片段,作為引物,當后者與單鏈DNA互補結合后,按堿基互補原則不斷在其3’OH端添加同位素標記的單核苷酸,這樣也可以獲得比放射性很高的DNA探針。
