線粒體基質-內膜和嵴包圍著的線粒體內部空間, 含有很多蛋白質和脂類,催化三羧酸循環中脂肪酸和丙酮酸氧化的酶類, 也都存在于基質中。線粒體有內外兩層膜,內膜的某些部位向線粒體的內腔折疊形成嵴,【嵴】的周圍充滿了液態的基質----這些基質就是線粒體基質,其中含有許多有氧呼吸有關的酶.是有氧呼吸的主要場所。