病原體的檢測：標本的采集，在發病一周內取血液，第二周取尿，有腦膜刺激癥狀取腦脊液，其檢出率較高。
(1) 直接鏡檢：將標本用差速離心集菌后作暗視野鏡檢或用Fontana鍍銀染色鏡檢，也可用直接免疫熒光法或免疫酶染色法檢查。
(2) 分離培養與鑒定：將標本接種在Korthof培養基中，28℃培養2-4周，如有生長則培養基變混濁，再用暗視野顯微鏡檢查鉤體的存在，如有鉤體再用血清學方法鑒定其群型。
(3) 動物接種：是分離鉤體的敏感方法，尤其適用于有雜菌污染的標本。方法是將標本接種于幼齡和地鼠腹腔。接種3-5天后，用暗視野查腹腔液；可取心血檢查并作分離培養。動物死后解剖，可見肺部和皮下有出血斑、肝、脾等臟器中有大量鉤端螺旋體存在。
(4) 檢測核酸方法：用同位素或生物素標記DNA探針進行核酸雜交及PCR方法均可檢測標本中鉤端螺旋體的核酸進行診斷，其特異性、敏感性均優于培養法，且得出的結果快速。此外限制性內切酶指紋圖譜也可用于鉤端螺旋體的菌株鑒定和分型。
