（1） 按照采集造血干細胞的來源不同分為：骨髓移植、臍血移植、外周血造血干細胞移植等。
（2）按照供體與受體的關系分為：自體骨髓移植/臍血移植/外周血造血干細胞移植、異體骨髓移植/臍血移植/外周血造血干細胞移植。異體移植又稱異基因移植，當供者是同卵雙生供者時，又稱同基因移植。
（3）根據供者與受者HLA配型相合程度，異體骨髓移植/臍血移植/外周血造血干細胞移植分為：HLA全相合移植、不全相合移植、單倍體相合移植。
（4）根據供者與受者的血緣關系分為：血緣相關移植、非血緣移植即骨髓庫來源供者。
（5）根據移植前的預處理方案強度可分為：清髓性造血干細胞移植和非清髓性造血干細胞移植（減低預處理劑量的造血干細胞移植）。
一般根據患者的疾病種類、疾病狀態及預后、HLA配型結果及供者年齡等因素綜合考慮來選擇造血干細胞移植方式。目前異基因造血干細胞移植絕大多數為配型相同的同胞間、半相合父母與子女間、不全相合同胞間的移植，而隨著全世界及我國骨髓庫的增加，非血緣供者的異基因造血干細胞移植數量也在不斷增加。不同移植類型各自優劣不同，自體造血干細胞移植的優點在于不受供者的限制，移植后不發生移植物抗宿主病，不需要使用免疫抑制劑，嚴重并發癥較少，費用較低，缺點是復發率高。異基因造血干細胞移植治療惡性疾病，植入的供者細胞有持久的抗腫瘤作用，復發率低，但嚴重并發癥多，費用相對較高。