1903年俄國植物化學家茨維特（Tswett）首次提出“色譜法”（Chromatography）和“色譜圖”（Chromatogram）的概念。茨維特使用色譜法 chromatography （來自希臘字， chroma 意思是顏色， graphy 意思是記錄 -直譯為顏色記錄）來描述他的彩色試驗。（令人好奇的是, 俄羅斯名字茨維特意思是顏色。）他在論文中寫到：
“（原文）一植物色素的石油醚溶液從一根主要裝有碳酸鈣吸附劑的玻璃管上端加入，沿管濾下，后用純石油醚淋洗，結果按照不同色素的吸附順序在管內觀察到它們相應的色帶，就象光譜一樣，稱之為色譜圖。”
1930年以后，相繼出現了紙色譜、離子交換色譜和薄層色譜等液相色譜技術。
1952年，英國學者Martin和Synge 基于他們在分配色譜方面的研究工作，提出了關于氣－液分配色譜的比較完整的理論和方法，把色譜技術向前推進了一大步，這是氣相色譜在此后的十多年間發展十分迅速的原因。
1958年，基于Moore和Stein的工作，離子交換色譜的儀器化導致了氨基酸分析儀的出現，這是近代液相色譜的一個重要嘗試，但分離效率尚不理想。
1960年中后期，氣相色譜理論和實踐發展，以及機械、光學、電子等技術上的進步，液相色譜又開始活躍。到60年代末期把高壓泵和化學鍵合固定相用于液相色譜就出現了HPLC。
1970年中期以后，微處理機技術用于液相色譜，進一步提高了儀器的自動化水平和分析精度。
1990年以后，生物工程和生命科學在國際和國內的迅速發展，為高效液相色譜技術提出了更多、更新的分離、純化、制備的課題，如人類基因組計劃，蛋白質組學有HPLC作預分離等。