在食品中的應用
一些功能性低聚糖的糖漿黏度與葡萄糖漿相似，水活度與蔗糖相似，還原力中等，用于食品可降低冰點，提高沸點，改善保濕性，在許多食品生產和家庭烹調中可用來代替蔗糖。
在飼料中的應用
功能性低聚糖因其低殘留、無抗藥性、純天然以及具有良好的降低腹瀉的特性，成為某些抗生素的替代品，通常用于用于飼料添加劑以提高畜禽生產性能，提高畜禽免疫性能，改善畜禽腸道微生態環境，除糞臭等作用。
在其它領域的用途
功能性低聚糖還被用作農藥應用于水果、蔬菜防治中，具有安全、無毒的特點。低聚糖生物農藥作為一類新型的植物激素及物抗性激活因子在農作物生長發育和病蟲害防治中具有闊的開發前景。低聚糖生化肥料對土壤微生物也有菌群節作用，能提高化肥的利用率。