CMV感染診斷中應注意的問題：CMV感染的診斷依據詳見CMV感染診斷方案，臨床應用中需注意以下幾方面的問題。
1．對CMV感染的診斷主要依靠實驗室檢查結果，因此實驗室操作從試劑選用至結果判定，都需保證質量。采用國際上尚未公認的新方法時，應與“金標準”病毒分離等結果對照，考核其可靠性。
2．在中國小兒中，原發感染大多發生于嬰幼兒時期，此時又多呈產毒型感染狀態。以后隨著年齡增長趨向潛伏感染。但在患有其他疾病時，體內病毒又可被激活，呈現產毒型感染。如人們觀察過3歲以上的53例急性黃疸型甲型肝炎，在他們的急性期除2例(3.8%）外均伴有CMV感染，其中半數以上（64.2%）為再發感染，以后隨訪中發現又轉為潛伏感染，可以作為佐證。
3．CMV感染小兒多表現為無癥狀性感染，只有少數為癥狀性感染，且又多發生于先天性和圍生期感染患兒。在嚴重免疫缺陷時，可出現肺炎、肝炎等全身疾患。
4．CMV感染可累及宿主機體各個器官和系統，但產生嚴重病變的機會不多，靶器官的損害又與患兒的年齡有關。中樞神經系統損害（如小頭畸形、智能障礙等）和先天畸形主要見于先天性感染；肝炎、肺炎還可見于嬰幼兒時期感染。因此，在生后感染患兒身上發現有中樞神經損害和先天畸形，將其歸為CMV感染所致是不科學的。
5．新生兒在娩出時，往往會在其體內混入微量母親血液，臍帶血更甚。故從臍帶血或初生新生兒血中用PCR法查得CMVDNA，以示新生兒感染也是不可靠的。應該再次對新生兒復查或作其他病毒學檢查核實。
6．對癥狀性CMV感染如肺炎、肝炎的診斷，僅僅依賴血清學或尿、血中病毒學檢查陽性結果也欠妥當。因為這些檢測結果只能表現體內有CMV存在或復制，卻無定位意義。如從病變肺、肝組織中原位檢測陽性則就可靠，但是實施困難。因此，應該采取肺炎患兒的下呼吸道分泌物替代或排除能夠引起同樣病癥的其他病因和病原，力求診斷可靠。
