rRNA一般與核糖體蛋白質結合在一起，形成核糖體（ribosome），如果把rRNA從核糖體上除掉，核糖體的結構就會發生塌陷。原核生物的核糖體所含的rRNA有5S、16S及23S三種。S為沉降系數（sedimentation coefficient），當用超速離心測定一個粒子的沉淀速度時，此速度與粒子的大小直徑成比例。5S含有120個核苷酸，16S含有1540個核苷酸，而23S含有2900個核苷酸。而真核生物有4種rRNA，它們分子大小分別是5S、5.8S、18S和28S，分別具有大約120、160、1900和4700個核苷酸。
rRNA是單鏈，它包含不等量的A與U、G與C，但是有廣泛的雙鏈區域。在雙鏈區，堿基因氫鍵相連，表現為發夾式螺旋。
rRNA在蛋白質合成中的功能尚未完全明了。但16 S的rRNA3’端有一段核苷酸序列與mRNA的前導序列是互補的，這可能有助于mRNA與核糖體的結合。
