反義RNA的分類和作用機制：下表總結了原核細胞內天然存在的11種反義RNA。這些反義RNA按其作用機制可經分為三大類。
調節水平 反義RNA 靶RNA 分類 功能 來源
轉錄后水平 micF RNA ompF mRNA 1A OmpF合成 染色體
oop RNA cⅡmRNA 1B 溶菌-溶源 噬菌體
sar RNA antmRNA 1A 溶菌-溶源 噬菌體
ouT RNA 轉位酶mRNA ⅠA 轉位作用 轉位子
finp RNA traJ mRNA ⅠA DNA轉位
sok RNA hok mRNA ⅠA 殺死作用
copA RNA repA mRNA Ⅱ 復制 質粒
R1162RNA repⅠmRNA Ⅱ 復制
pT181RNA repC mRNA Ⅱ 復制
轉錄水平 ticRNA CAP mRNA Ⅲ cAMP結合蛋白 染色體
復制前水平 RNAⅠ RNAⅡ Ⅲ DNA復制 質粒
Ⅰ類:這類反義RNA直接作用于其靶mRNA的SD序列和/或編碼區，引起翻譯的直接抑制(ⅠA類)或與靶mRNA結合后引起該雙鏈RNA分子對RNA酶Ⅲ的敏感性增加，使其降解(ⅠB類)。Ⅱ類:這類反義RNA與mRNA的SD序列的上游非編碼區結合，從而抑制靶mRNA的翻譯功能。其作用機制尚不完全清楚，可能是反義RNA與靶mRNA的上游序列結合后會引起核糖體結合位點區域的二級結構發生改變，因而阻止了核糖體的結合。Ⅲ類:這類反義RNA可直接抑制靶mRNA的轉錄。
ticRNA(transcription inhibitory complementary RNA)是大腸桿菌中CAP蛋白(cAMP結合蛋白)的mRNA的反義RNA。ticRNA的基因的啟動子可被cAMP-CAP復合物所激活，從CAP mRNA的轉錄起始位點上游3個核苷酸處開始，以CAP mRNA的模板DNA鏈的互補鏈為模板，合成ticRNA。ticRNA具體長度不清楚，但是它是5'端一段正好和CAP mRNA的5'端有不完全的互補，可以形成雙鏈的RNA雜交體。而在CAP mRNA上緊隨雜交區之后的是一段約長11bp的A，U豐富區。這樣的結構十分類似于ρ不依賴性的轉錄終止子的結構，從而CAP mRNA的轉錄剛剛開始不久后即迅速終止。從這個例子中我們可以看到CAP蛋白合成的自我調節作用。當CAP合成達一定量后，即可與cAMP結合成cAMP-CAP復合物。再激活ticRNA的啟動子轉錄出ticRNA，反過來抑制CAP-mRNA的合成。