[1]長的反義RNA并不一定比短的反義RNA更為有效；
[2]在原核生物中針對SD序列及其附近區域的反義RNA可能更有效；
[3]在真核生物中，對應于5'端非編碼區的反義RNA可能比針對編碼區的反義RNA更有效；
[4]盡量避免在反義RNA分子中出現自我互補的二級結構；
[5]設計的反義RNA分子中不應有AUG或開放讀框，否則該反義RNA亦會與核糖體結合而影響其與靶mRNA的配對結合；
[6]進一步還可以將帶有ribozyme結構的RNA連在反義RNA的3'端尾上，當反義RNA與靶mRNA雜交后，即可利用其酶活性來降解靶mRNA。
此外，為了增強反義RNA的作用，還可以采取一些額外措施，例如:
[1]由于反義RNA對靶mRNA的抑制作用有劑量依賴性，所以在構建反義RNA基因時，要選擇強的、可以誘導的啟動子以增強反義RNA本身的表達；
[2]構建許多個反義RNA基因串連在一起，以得到線性重復的多拷貝基因，對提高反義RNA的表達也有利；
[3]RNA酶Ⅲ可以降解RNA:RNA雜交體，所以在構建反義RNA基因時，可將RNA酶Ⅲ的基因也同時轉化到靶細胞中并進行表達。這樣，當反義RNA與靶mRNA結合后，RNA酶Ⅲ即可將其降解。這顯然有利于反義RNA的抑制作用；
近年來，有關反義RNA的研究進展迅速，已經應用到抗病毒感染，研究癌基因的作用機制，探索腫瘤治療的可行途徑等方面。在今后一段時間內，有關反義RNA的研究肯定將會有更加迅速的進展和更廣闊的應用前景。