核酸探針根據核酸的性質,可分為DNA和RNA探針;
根據是否使用放射性標記物的與否,可分為放射性標記探針和非放射性標記探針;
根據是否存在互補鏈,可分為單鏈和雙鏈探針;
根據放射性標記物摻入情況,可分為均勻標記和末端標記探針。