對于許多已知的返座假基因，如肌管蛋白假基因、肌動蛋白假基因、葡萄糖-3-磷酸脫氫酶等等，它們的功能基因能夠在非分化細胞（如生殖細胞和非分化的腫瘤細胞）中表達。這些返座假基因的長度和多聚腺嘌呤尾提示著它由RNA聚合酶Ⅱ轉錄而來。上面提到的異常轉錄本（如人免疫球蛋白ε及λΨ1假基因和鼠Ψα3-珠蛋白假基因被認為可能是由RNA聚合酶Ⅲ轉錄而來。Mathias等認為有自主返座能力的長散布重復序列L1產生的蛋白質能夠作用于Alu轉座子及細胞的mRNA（如返座假基因）并促進其返座。Luan等在對昆蟲非長末端重復元件（non-LTRelement）R2BM的研究基礎上，提出了目標引導反轉錄（target-primedreversetranscription，TPRT）的返座機制。盡管一些資料已證實這種機制，但所提出的返座途徑的具體步驟仍存在未解決的問題。
