PCR -單鏈構象多態性分析(PCR -single strand conformation analysis,PCR -SSCP) 是近年來在基因突變檢測中運用最廣泛的方法之一。PCR -SSCP 技術憑借突變可引起單鏈DNA三級構象改變,通過觀察單鏈DNA在非變性聚丙烯酰胺凝膠中的遷移率漂移來判斷突變。樣品經PCR 擴增后，其產物經變性后可以產生2 條單鏈，如果存在基因突變，哪怕是一個堿基的異常，單鏈的構象也會發生變化，正常與突變的DNA單鏈在聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE) 中，可以顯現出不同的帶型，從而確定野生型和突變型，PCR -SSCP 分析的主要優點是簡易且敏感性較高。但是該技術不能確定突變的部位和性質。PCR -SSCP 突變檢測敏感性隨PCR 產物長度的增加而降低，一般用于檢測較小外顯子的突變。有時由于單個核苷酸變化所引起的構象改變很小，用PAGE 電泳就可能無法檢出，在PCR 產物或待測DNA 小于200 bp 時，PCR -SSCP 分析能夠檢測出70%~ 95%的突變。如果以毛細管電泳代替PAGE，則可大為提高突變檢測的效率。
Wallace1997 年提出將PCR -SSCP 和異源DNA雙鏈分析（heteroduplex analysis,HA) 相結合，稱之為SSCP/ HA，部分PCR 產物經變性進行SSCP 分析以了解是否具有突變，其余PCR 產物直接用于電泳，以檢出含有突變的異源DNA雙鏈，電泳凝膠經銀染，單鏈DNA所形成的帶為橘黃或棕色，而雙鏈DNA則表現為灰黑色。該綜合手段可以單鏈構型多態性和異源雙鏈構型分析兩個不同的層次檢出突變，是一種經濟、迅速的突變檢測手段，但無法提供突變位置的信息。
PCR -SSCP 有許多改進技術，如RNA單鏈構象多態性法（PCR -rSSCP）、雙脫氧測序單鏈片段構象多態分析（PCR -ddF）、限制酶指紋技術(PCR -REF) 等。PCR -rSSCP 法依據RNA構象對單個堿基替代更敏感的原理，在PCR 引物上加上某類啟動子，通過轉錄的RNA構象體的電泳遷移差異進行突變鑒別。PCR -ddF 法把PCR 產物轉錄，將轉錄物用反轉錄酶進行Sanger 雙脫氧終止測序反應，通過觀察非變性膠上經解鏈處理所產生的單鏈漂移、突變后終止片段的獲得與缺失來判斷突變。PCR -REF 法將RFLP 和SSCP 技術優勢組合，將PCR 擴增的待測片段用5~ 6 種限制酶依次消化，混合并進行末端標記，最后經變性處理并在非變性凝膠上電泳分離，從而獲得來自片段長度和片段構象的雙重突變信息。