線粒體核糖體中含有對三磷酸鳥苷（簡稱“GTP”）具有很強親和力的GTP結合位點。其中，牛的線粒體核糖體28S亞基GTP親和力為Kd=17±5.8nM，而39S亞基GTP親和力為Kd=15.3±2.8nM。 [15] 這種高度的親和性是70S核糖體及80S核糖體所沒有的。已有研究發現牛線粒體核糖體的其中一個GTP結合位點在28S亞基的S5蛋白上。S5是線粒體核糖體獨有的RP，70S核糖體或80S核糖體中都不存在該RP的同源蛋白質，其結合GTP的作用未知。
