構成RNA的堿基有四種，每三個堿基的開始兩個決定一個氨基酸。從理論上分析堿基的組合有4的3次方=64種，64種堿基的組合即64種密碼子。怎樣決定20種氨基酸呢？仔細分析20種氨基酸的密碼子表，就可以發現，同一種氨基酸可以由幾個不同的密碼子來決定，起始密碼子為AUG（甲硫氨酸），另外還有UAA、UAG、UGA三個密碼子不能決定任何氨基酸，是蛋白質合成的終止密碼子。
1994年版曾邦哲著《結構論》中對密碼子和氨基酸的組合數學計算公式為：C1/4+2C2/4+C3/4=20氨基酸，C1/4+6（C2/4+C3/4）=64密碼子。（另有算法4*4*4=64，一個密碼子里面三個堿基每個位置有4種可能）。