AUG是起始密碼子，也就是說肽鏈起始于甲硫氨酸。這個氨基酸是甲基化的甲硫氨酸。起始密碼子結合到一個與甲硫氨酸一tRNA相同的3’UAC5’反密碼子的甲酰甲硫氨酸一tRNA上．也就是說，甲硫氨酸一tRNA和甲酰甲硫氨酸一tRNA都是由AUG編碼．但是起始氨基酸的信號要比所有其他氨基酸的信號復雜得多。根據Stent的理論，存在兩種不同的可以接受甲硫氨酸的tRNA。
只有其中一個甲硫氨酸在特異的甲酰化酶作用下轉變為甲酰甲硫氨酸。其他普通的甲硫氨酸一tRNA把甲硫氨酸結合到延伸的多肽鏈之間，而且只對應于AUG密碼子。甲酰甲硫氨酸起始多肽鏈的合成也可以響應GUG（纈氨酸的密碼子)。
當GUG出現在起始點時，編碼甲硫氨酸，而出現在中間位置時．它編碼纈氨酸。對應的tRNA上的反密碼子似乎對密碼子的第一個核苷酸是寬容的。而第二和第三個核苷酸是選擇性的。