用于生產單細胞蛋白的微生物種類很多，包括細菌、放線菌、酵母菌、霉菌以及某些原生生物。這些微生物通常要具備下列條件：所生產的蛋白質等營養物質含量高，對人體無致病作用，味道好并且易消化吸收，對培養條件要求簡單，生長繁殖迅速等。單細胞蛋白的生產過程也比較簡單：在培養液配制及滅菌完成以后，將它們和菌種投放到發酵罐中，控制好發酵條件，菌種就會迅速繁殖；發酵完畢，用離心、沉淀等方法收集菌體，最后經過干燥處理，就制成了單細胞蛋白成品。
