抗小腸杯狀細胞抗體能幫助診斷炎癥性腸病,常用間接免疫熒光法測定。高滴度的抗小腸杯狀細胞抗體主要見于潰瘍性結腸炎,陽性率達28%~39%。部分克羅恩病患者也可檢出抗小腸杯狀細胞抗體。在炎癥性腸病患者的近親中檢出抗小腸杯狀細胞抗體,預示易患炎癥性腸病。