液體閃爍計數器主要用于探測一些低能β核素示蹤原子的放射性樣品，已廣泛的應用于工業、農業、生物醫學、分子生物學、環境科學、考古與地質構造等領域科研工作中的核素示蹤與核輻射測量。主要包括以下幾個方面：
1 、細胞與分子生物學
主要利用3H、14C、32P等放射性核素進行體內或體外標記，研究細胞生物體內核酸、蛋白質等生物大分子的合成與降解代謝及其轉化途徑。尤其在核酸分子標記及分子雜交、探針制備等方面應用更為廣泛。
2 、生物醫學
利用放射免疫分析技術測定動物或人體內激素等微量活性物質，研究動物和人體體內內分泌和其它生理代謝行為。
3 、動植物營養
通過對大量或微量元素標記測定，研究動物、植物對營養元素、礦質元素的吸收利用率、生理代謝及其缺素癥，為研究防治對策提供依據。
4 、環境科學
利用標記示蹤原子，研究有毒有害物質在環境體系的行為、去向和污染程度，包括用于重金屬和農藥等污染研究，以及在環境中水體、大氣、土壤、居室內放射性天然背景值的監測。
5 、生物體中發光測定
利用單光子監測了測定生物體內發光與單光子事件和環境變化關系的研究。
6 、檢驗檢疫領域也會有低本底液閃儀來檢測大理石的放射性。紅酒的鑒別。食醋的鑒別等。