內異癥易與下述疾病混淆，應予以鑒別。
（1）卵巢惡性腫瘤 早期無癥狀，有癥狀時多呈持續性腹痛、腹脹，病情發展快，―般情況差。B型超聲圖像顯示包塊為混合性或實性，血清CA125值多顯著升高，多大于100IU／ml。腹腔鏡檢查或剖腹探查可鑒別。
（2）盆腔炎性包塊 多有急性或反復發作的盆腔感染史，疼痛無周期性，平時亦有下腹部隱痛，可伴發熱和白細胞增高等，抗生素治療有效。
（3）子宮腺肌病 痛經癥狀與內異癥相似，但多位于下腹正中且更劇烈，子宮多呈均勻性增大，質硬。經期檢查時，子宮觸痛明顯。出病常與內異癥并存。
