正壓潔凈手術室是有潔凈級別（I級、II級、III級、IV級）的手術室，它的風系統的組成是經過處理的潔凈新風＋不同換氣次數的循環潔凈風＋排風，就是有新風、有循環風、有排風。風機啟動順序應為新風、循環、排風。送到手術室內的新風量大于排風量。手術室內的相對壓力大于相鄰室的壓力。它的保護對象主要是手術病人。因為潔凈手術室的排風口多設計在手術室的頂部，排風機是單風機系統，排風可不設高效過濾器，只設初中效過濾器即可。
負壓手術室一般為沒有潔凈度級別的手術室。它的風系統的組成是經過處理的潔凈新風＋排風，也就是直送直排。風機啟動順序應為排風、新風，送到室內的新風量小于排風量。手術室內的相對壓力小于鄰室的相對壓力。它的保護對象主要是醫務人員和周邊環境。負壓手術室的排風口應設在手術室內側墻壁下端靠離病人頭部較近處和頂部麻醉工作區域一側。排風機系統是雙風機。排風須設有高效過濾器。