核酸分解的第一步是水解核苷酸之間的磷酸二酯鍵，在高等動植物中都有作用于磷酸二酯鍵的核酸酶。
不同來源的核酸酶，其專一性、作用方式都有所不同。有些核酸酶只能作用于RNA，稱為核糖核酸酶（RNase），有些核酸酶只能作用于DNA，稱為脫氧核糖核酸酶（DNase），有些核酸酶專一性較低，既能作用于RNA也能作用于DNA，因此統稱為核酸酶（nuclease）。
根據核酸酶作用的位置不同，又可將核酸酶分為核酸外切酶（exonuclease）和核酸內切酶（endonuclease）。
