木聚糖酶在自然界分布廣泛，可從動物、植物和微生物中獲得。例如，海洋及陸地細菌、海洋藻類、真菌、酵母菌、瘤胃和反芻動物細菌、蝸牛、甲殼動物、陸地植物組織和各種無脊椎動物中都有木聚糖酶存在。
微生物來源的木聚糖酶普遍存在于自然界中，且種類繁多，應用領域廣泛，因此對微生物木聚糖酶的研究報道很多。日前研究和應用得最多的是細菌和真菌來源的木聚糖酶，其中，細菌可以產生堿性和酸性木聚糖酶，而真菌只可產生堿性木聚糖酶。真菌中以絲狀真菌分泌的胞外酶最高。
目前，木聚糖酶主要利用真菌和細菌等微生物進行發酵生產。
