氨肽酶作為一種蛋白酶，廣泛存在于不同物種的生物體中，包括哺乳動物、植物、微生物等。在動物體內，日本學者 Akihiro okitani 首次從兔子的骨骼肌中分離出一種具有氨肽酶活性的蛋白水解酶，并命名為“BANA hydrolase H”。在此之前，我國學者梅傳生等首次報道了一種植物來源的氨肽酶，并對該酶在水稻葉片衰老過程中的變化進行了研究。隨著人們對氨肽酶研究的深入，越來越多的動植物來源的氨肽酶陸續被報道。
由于動植物體內成分復雜、氨肽酶含量較低，導致提取成本較高。隨著酶制劑行業的快速發展，為滿足市場需求，利用微生物發酵法生產酶已成為當今的主流趨勢和研究熱點。1935 年，Johnson 等在對寄生曲霉所產的酶進行分析時首次在微生物中發現了氨肽酶。報道的產氨肽酶的微生物種類繁多，主要分為兩大類：一類是真核微生物，包括毛霉屬、青霉屬、曲霉屬、酵母科等；另一類是原核微生物，包括假單胞菌屬、乳酸桿菌屬、芽孢桿菌屬、放線菌等 。