優點：與傳統方法相比，微波萃取能大大加快組織的水解，使果膠提取時間由傳統方法90min縮短為5min，而且受熱均勻，不會破壞果膠長鏈結構，同時降低了能耗，工藝操作容易控制，降低勞動強度，所得樣品質量好，凝膠性能、色澤、溶解性等指標都有所提高，產率比傳統方法提高了2%。除此之外，還大量節約酒精溶劑，產品質量符合國家質量標準，在生產應用上具有重要的現實意義。微波加熱技術在化工和食品領域中的應用越來越引起人們的關注。
缺點：微波加熱速度太快，不易控制加熱溫度。而且該法對微波的波長和功率都有一定的要求，否則會造成果膠產品形態有所差異。再者，微波法操作不當容易泄漏，對生物有害。現階段對微波法的理論研究還不足，有待進一步探究。