優點：微生物法低溫發酵提取果膠，萃取液中果皮不破碎，也不需進行熱、酸處理，容易分離，萃取完全，易過濾。萃取的果膠分子量大，果膠的膠凝度高，質量穩定。此法還能有效地克服酸水解法生產果膠的諸多不足，具有低消耗、低污染等特點，具有廣闊的應用前景。
缺點：微生物法提取果膠受橘皮的預處理，反應時的固液化，微生物的生長時間、大小、保溫時間以及pH的影響比較大。
