十年代巴斯德畢赤酵母曾被用于生產單細胞蛋白（SCP），有很好的發酵基礎，菌體密度可達100g/L干重。其生長培養液的組分包括無機鹽、微量元素、生物素、氮源和碳源，廉價而無毒。它能在以甲醇為唯一碳源的培養基中快速生長，其中醇氧化酶AOX——甲醇代謝途徑的關鍵酶可達細胞可溶性蛋白的30%。而在葡萄糖、甘油或乙醇作為碳源的培養細胞中則檢測不到AOX。AOX的合成是在轉錄水平調控的。其基因啟動子具有明顯的調控功能，可用于調控外源基因的表達。此調控作用是由一般碳源抑制/解抑制及碳源特殊誘導又重機制控制的。外源基因在甲醇以外的碳源中處于非表達狀態，而在培養液中加入甲醇后，外源基因即被誘導表達。巴斯德畢赤酵母中存在著一種稱為微體的細胞器，其中大量合成過氧化物酶，因此也稱為過氧化物酶體。合成的蛋白質貯存于微體中，可免受蛋白酶的降解，且不對細胞產生毒害。