自從1987年Cregg等首次用巴斯德畢赤酵母（Pichia pastoris）作為宿主表達外源蛋白以來,作為一種新的高效的表達系統，畢赤酵母越來越引起人們的重視，到1995年，已有四十多種外源蛋白在該宿主菌中獲得表達。而最近幾年每年報道的在畢赤酵母中表達的外源基因就有幾十種，且一年比一年多，與其它表達系統相比，畢赤酵母表達系統具有以下優勢：
1）含有特有的強有力的AOX（醇氧化酶基因）啟動子，用甲醇可嚴格地調控外源基因的表達；
2）表達水平高，即可在胞內表達，又可分泌型表達。畢赤酵母中，報道的最高表達量為破傷風毒素C為12g/l，一般大于1g/l。絕大多數外源基因比在細菌、釀酒酵母、動物細胞中表達水平高。一般畢赤酵母中外源基因都帶有指導分泌的信號肽序列，使表達的外源目的蛋白分泌到發酵液中，有利于分離純化；
3）發酵工藝成熟，易放大。已經有大規模工業化高密度生產的發酵工藝，且細胞干重達100g/l以上，表達重組蛋白時，已成功放大到10000升；
4）培養成本低，產物易分離。畢赤酵母所用發酵培養基十分廉價，一般碳源為甘油或葡萄糖及甲醇，其余為無機鹽，培養基中不含蛋白，有利于下游產品分離純化；而釀酒酵母所用誘導物一般為價格較高的半乳糖；
5）外源蛋白基因遺傳穩定。一般外源蛋白基因整合到畢赤酵母染色體上，隨染色體復制而復制，不易丟失；
6）作為真核表達系統，畢赤酵母具有真核生物的亞細胞結構，具有糖基化、脂肪酰化、蛋白磷酸化等翻譯后修飾加工功能。
與其他表達系統比較 甲基酵母部分優點 與其他真核表達系統比較 與原核表達系統比較 1.屬于真核表達系統，具有一定的蛋白質翻譯后加工，有利于真核蛋白的表達優點 - + 2.AOX強效啟動子，外源基因產物表達量高，可以達到每升數克表達產物的水平 +++ + 3.酵母培養、轉化、高密度發酵等操作接近原核生物，遠較真核系統簡單，非常適合大規模工業化生產。 +++ = 4.可以誘導表達，也可以分泌表達，便于產物純化。 = + 5.可以甲醇代替IPTG作為誘導物，部分甲醇酵母更可以甲醇等工業產物替代葡萄糖作為碳源，生產成本低 +++ + + 表示優勝于；- 表示不如；= 表示差不多
產品性能：
優點——使用簡單，表達量高，His-tag便于純化
缺點——酵母表達蛋白有時會出現蛋白切割問題