根據其多系統、多器官受累特點,需與其他累及皮膚、神經系統和眼的疾病鑒別,如神經纖維瘤病和腦面血管瘤病。在0.8%的新生兒中可發現色素減退斑,大多數并無醫學意義,其他一些疾病如白癜風、色素缺失痣部分白斑病及Vogt-Koyanagi-Harade綜合征也可有色素減退斑,需與TSC鑒別。有癲癇表現的患者需與原發或繼發性癲癇鑒別。影像學上需與腦囊蟲病鑒別。