目前尚未查到權威性的較全面的發病率統計學資料。氨基酸代謝病的發生率差異很大，曾有文獻資料分析表明主要氨基酸代謝病的發生率占每10萬個活產嬰兒中的例數為：苯丙酮尿癥8；胱氨酸尿癥7；亞氨基甘氨酸尿癥5；組氨酸血癥4；Hartnup病4；其他高苯丙氨酸血癥3；高脯氨酸血癥2；高賴氨酸血癥0.4等。
