感染或藥物應用史、臨床表現、一些實驗室及影像學檢查有助于診斷，但腎臟病理仍然是診斷間質性腎炎的金標準。
臨床出現不明原因的急性腎功能不全時要考慮急性間質性腎炎可能。具有下列臨床特征者應考慮慢性間質性腎炎：
①存在導致慢性間質性腎炎的誘因，如長期服用止痛劑、慢性尿路梗阻等，或有慢性間質性腎炎家族史；
②臨床表現有小管功能障礙，如煩渴、多尿、夜尿增多、腎小管性酸中毒等，或腎功能不全但無高血壓、無高尿酸血癥等；
③尿液檢查表現為嚴重小管功能受損。少量小分子蛋白尿（<2.0克/24小時）、尿RBP、溶菌酶、尿β2-微球蛋白、NAG升高，可有糖尿、氨基酸尿。慢性間質性腎炎還須根據病史和臨床病理特征進一步明確病因。