(1) 化膿性腦膜炎：有高熱、脈快，腦膜刺激征明顯，但無局限神經定位征，腦脊液白細胞和蛋白質增高，腦超聲檢查，腦血管造影和CT掃描均正常。
(2) 硬膜外或硬膜下積膿：常與腦膿腫合并存在，很少獨立發生。腦血管造影腦表面為一無血管區，CT發現腦表面有半月形低密度影。
(3) 血栓性竇感染：細菌栓子脫落，沿靜脈竇擴散所致，表現為周期性膿毒敗血癥,不規則寒戰,弛張熱、脈快，末梢血粒細胞增加，但腦脊液無改變，可借助腦超聲、腦血管造影和CT掃描鑒別。
(4) 化膿性迷路炎：由化膿性中耳炎所致，癥狀類似小腦膿腫,但頭痛較輕,嘔吐，眩暈嚴重，眼震多呈自發水平和旋轉混合型，共濟失調為雙側性或不明顯，無腦膜刺激征，無視乳頭水腫，腰穿正常。
(5) 腦腫瘤：發病緩慢，無感染病史，僅顱內壓增高，腦脊液細胞正常，經顱平片、血管造影、CT掃描不難鑒別。