需要與其他有“流感樣癥狀”的疾病進行鑒別，從患者表現來看很難區別這些疾病，應該由專業醫生通過進一步血液檢查、影像學檢查、病原學檢查等做出判斷。
普通感冒
普通感冒傳染性弱，病情較輕，以噴嚏、流涕等為主要表現；普通感冒的流感病原學檢測陰性，或可找到相應的感染病原證據。
其他上呼吸道感染
包括急性咽炎、扁桃體炎、鼻炎和鼻竇炎。感染與癥狀主要限于相應部位，局部分泌物流感病原學檢查陰性。
其他下呼吸道感染
流感有咳嗽癥狀或合并氣管-支氣管炎時，需與急性氣管-支氣管炎相鑒別；合并肺炎時需要與其他肺炎，包括細菌性肺炎、衣原體肺炎、支原體肺炎、病毒性肺炎、真菌性肺炎、肺結核等相鑒別。根據臨床特征可作出初步判斷，病原學檢查可資確診。
新冠肺炎
新冠肺炎輕型、普通型可表現為發熱、干咳、咽痛等與流感相似的癥狀；新冠肺炎重型、危重型同樣與流感重型、危重型癥狀類似。
需結合流行病學史與病原學檢查進行鑒別。