除Mollaret復發性腦膜炎外，其他各種病因導致腦膜炎發病的機制，分別和患者機體的免疫狀態，病原在體內的潛伏，病原感染的可能性，應用的藥物和化學制劑有著重要的關系。
對Mollaret腦膜炎的免疫學研究未發現恒定的結果，而是大多數患者免疫功能正常，有些只在發作期腦脊液IgG增高，IL-6，TNF-2或前列腺素E2增高，但其意義不明。
腦脊液中出現淋巴細胞增多，在病后最初24h內可呈多核白細胞和淋巴細胞相混合，有些患者半數以上的細胞大，呈單核樣，稱Mollaret細胞，并在24h后迅速減少，其直徑18pm±3μm，為不規則圓形，胞質不清晰，有細微空泡(Evens，1993)，易碎，若不在發作早期取腦脊液并立即檢查可能難得發現，一些著者經電鏡及免疫細胞化學研究指出，這種Mollaret細胞實際上屬于單核細胞-巨噬細胞系統，為具有活性的單核細胞，Szabo等1983年發現，這種細胞來自第3腦室皮樣囊腫；Kuroda等1991年報告Mollaret細胞來自小腦延髓池神經皮樣囊腫的脫落細胞，Mollaret細胞并非Mollaret腦膜炎患者必定出現，也非該病特有的病理性表現。