1、實驗室檢查
（1）血膽紅素增高 以直接膽紅素為主，尿膽紅素陽性，由于膽紅素從膽汁中排出減少，糞膽原及尿膽原均減少。
（2）血清堿性磷酸酶增高 堿性磷酸酶的來源是膽小管上皮，原發性膽汁性肝硬化可在臨床癥狀出現之前即有堿性磷酸酶的明顯增高。
（3）血脂增高 特別是磷脂和膽固醇增高最明顯，甘油三酯可正常或中度增高。
（4）肝功能檢查 血清膽酸濃度增加，凝血酶原時間延長，早期注射維生素K后可恢復正常，晚期肝功能衰竭時則不能矯正。血清白蛋白在疾病早、中期正常，晚期則減少；球蛋白增加。
（5）免疫學檢查 抗線粒體抗體的陽性率可達90%～100%，可作為診斷的重要參考。此抗體在慢性活動性肝炎的陽性率為10%～25%，少數隱匿性肝硬化、系統性紅斑狼瘡及類風濕關節炎也可陽性。1/3患者有抗膽管細胞抗體，少數有抗平滑肌抗體和抗核抗體，1/2患者類風濕因子陽性。血清IgM可增高。
抗線粒體抗體、堿性磷酸酶、IgM三者并存對原發性膽汁性肝硬化有確診意義。
2、膽道造影
可用靜脈法、經皮經肝膽管造影或內鏡逆行膽管造影法，以除外肝外膽道梗阻。
3、肝穿刺活檢
活體病理檢查，有確診價值，但如膽汁淤積嚴重，或有出血傾向應慎重考慮，必要時行剖腹探查并活檢。
