1.十二指腸潰瘍穿孔
多數病人有潰瘍病史，其腹痛程度較劇烈，呈連續的刀割樣痛，有時可致患者于休克狀態，腹壁強直顯著，常呈“板樣”，壓痛，反跳痛明顯；腸鳴音消失；腹部X線檢查可發現膈下有游離氣體，惟少數病例無典型潰瘍病史，穿孔較小或慢性穿孔者病狀不典型，可造成診斷上的困難。
2.急性胰腺炎
腹痛多位于上腹正中或偏左，體征不如急性膽囊炎明顯，Murphy征陰性；血清淀粉酶升高幅度顯著；B超顯示胰腺腫大，邊界不清等而無急性膽囊炎征象；CT檢查對診斷急性胰腺炎較B超更為可靠，因為B超常因腹部脹氣而胰腺顯示不清。
3.高位急性闌尾炎
為轉移性腹痛，腹壁壓痛，腹肌強直均可局限于右上腹，易誤診為急性膽囊炎，但B超無急性膽囊炎征象及Rovsing（羅符苯）征陽性（按左下腹可引起闌尾部位的疼痛）有助于鑒別，此外，膽囊炎的反復發作史，疼痛的特點，對鑒別診斷也有參考價值。
4.急性腸梗阻
腸梗阻的絞痛多位于下腹部，常伴有腸鳴音亢進，“金屬音”或氣過水聲，腹痛無放射性，腹肌亦不緊張，X線檢查可見腹部有液平面
5.右腎結石
發熱少見，患者多伴有腰背痛，放射至會陰部，腎區有叩擊痛，有肉眼血尿或顯微鏡下血尿，X線腹部平片可顯示陽性結石，B超可見腎結石或伴腎盂擴張。
6.右側大葉性肺炎和胸膜炎
患者也可有右上腹痛，壓痛和肌衛而與急性膽囊炎相混，但該病早期多有高熱，咳嗽，胸痛等癥狀，胸部檢查肺呼吸音減低，可聞及啰音或胸膜摩擦音，X線胸片有助于診斷。
7.冠狀動脈病變
心絞痛時疼痛常可涉及上腹正中或右上腹，若誤診為急性膽囊炎而行麻醉或手術，有時可立即導致患者死亡，因此，凡50歲以上患者有腹痛癥狀而同時有心動過速，心律不齊或高血壓者，必須作心電圖檢查，以資鑒別。
8.急性病毒性肝炎
急性重癥黃疸型肝炎可有類似膽囊炎的右上腹痛和肌衛，發熱，白細胞計數增高及黃疸，但肝炎患者常有食欲不振，疲乏無力，低熱等前驅癥狀；體檢常可發現肝區普遍觸痛，白細胞一般不增加，肝功能明顯異常，一般不難鑒別。