患者常有肛周膿腫自行破潰或切開引流的病史，此后傷口經久不愈。肛瘺外口反復流出少量膿性、血性、黏液性分泌物為主要癥狀。較大的高位肛瘺，因瘺管位于括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由于分泌物的刺激，使肛門部潮濕、瘙癢，有時形成濕疹。由于皮膚生長較快，外口可暫時封閉，導致瘺管內膿液積聚，局部出現紅腫熱痛等炎癥表現，同時可伴有發熱、寒戰、乏力等全身感染癥狀，膿腫穿破或切開引流后，癥狀緩解。上述癥狀的反復發作是肛瘺的臨床特點。
