1.其他化膿性腦膜炎依侵入途徑可初步區別，肺炎球菌腦膜炎大多繼發于肺炎、中耳炎；葡萄球菌性腦膜炎大多發生在葡萄球菌敗血癥病程中；革蘭氏陰性桿菌腦膜炎易發生于顱腦手術后；流感桿菌腦膜炎多發生于嬰幼兒；綠膿桿菌腦膜炎常繼發于腰穿，麻醉、造影或手術后。
2.流行性乙型腦炎發病季節多在7～9月，腦實質損害嚴重，昏迷、驚厥多見，皮膚一般無瘀點，腦脊液較澄清，細胞數大多在500/mm以下，糖及蛋白量正常或稍增高，氯化物正常，免疫學檢查如特異性IgM、補結試驗等有助于鑒別。
3.虛性腦膜炎敗血癥、傷寒、大葉性肺炎等急性感染病人有嚴重毒血癥時，可出現腦膜刺激征，但腦脊液除壓力稍增高外，余均正常。
4.中毒型細菌性痢疾主要見于兒童，發病季節在夏秋季，短期內有高熱、驚厥、昏迷、休克、呼吸衰竭等癥狀，但無瘀點，腦脊液檢查正常，確診依靠糞便細菌培養。
5.蛛網膜下腔出血成人多見，起病突然，以劇烈頭痛為主，重者繼以昏迷，體溫常不升高，腦膜刺激征明顯，但無皮黏膜瘀點、瘀斑，無明顯中毒癥狀，腦脊液為血性，腦血管造影可發現動脈瘤、血管畸形等改變。
