巖藻多糖是一種水溶性的多糖，多采用水提法、酸提法或CaCl2法從褐藻或海帶中提取出來;新近報道的提取方法還有超聲波提取法和超濾膜提取法等。
水提法主要是利用巖藻多糖易溶于熱水、不溶于乙醇等有機溶劑的特點，得到巖藻多糖粗品，Wang等將100g的葉剪切后，放到3500mL、120℃的沸水中蒸煮3h，提取物經進一步純化后，巖藻多糖的產量達到2.3%；酸提法是利用巖藻多糖溶于稀鹽酸的水溶液，而褐藻酸在較低pH值下難以溶解的性質，將巖藻多糖提取出來，Teruya等將100g潮濕的海藻均勻處理后，加入2倍于其質量的0.05mol/LHCl，室溫下攪拌4h，浸出物經進一步純化，巖藻多糖得率達2.0%；
氯化鈣法是利用褐藻酸鈣不溶于水，而巖藻多糖的鈣鹽溶于水的性質，往浸提液中加入一定濃度的CaCl2水溶液以沉淀溶出褐藻酸，達到與巖藻多糖分離的目的。
Chandia等向100g干燥的海藻樣品中加入500mL2%的CaCl2溶液，80℃維持5h，進一步處理后得到4.4%的多糖提取物;超聲波法提取的原理是超聲能量可以破碎細胞，在常溫狀態下，短時間可使多糖物質釋放到水溶液中去，不僅減少褐藻膠等雜質溶出，還可以減少高溫對糖結構的破壞，譚潔怡等通過正交試驗得出，液固比100:1、超聲功率1000W、超聲時間25min時超聲效果最佳，巖藻多糖得率達到16.87%；
超濾膜法的特點在于用物理的方法濃縮多糖，把多糖中的小分子雜質除去，對多糖進行脫鹽、分級和濃縮，收率高、極少破壞多糖的生物活性，又沒有傳統有機溶劑法的試劑殘留問題，過菲等采用截留相對分子質量為6000的中空纖維超濾膜對羊棲菜粗多糖進行脫鹽，脫鹽率達99.9%，同時還能除去粗多糖中的部分色素物質，提高羊棲菜多糖的主要成分巖藻多糖的含量 。