由于糖類、脂質和蛋白的供能順序不同，只有糖類和脂質都供能不足時，才會出現蛋白質的氧化供能。而這種情況在生物體內很少發生，所以通常情況下所測定的呼吸商，實際上是非蛋白呼吸商，即以糖類和脂質為氧化分解的底物時所測定的呼吸商。不過糖類和脂質的呼吸商數值也是有差異的，分析如下：
糖類：俗稱碳水化合物Cm(H2O)n。當其完全氧化分解時，釋放m摩爾CO2與吸收m摩爾O2相等，故呼吸商為1。
脂質：完全氧化分解時，由于其分子中氫對氧的比例較糖分子中高，氧既需用于碳氧化，也要用于與氫氧化，需消耗較多的氧，故呼吸商小于1（0.7～0.8）。如蓖麻油的氧化方程式表示為：2C57H104O9+157O2→114CO2+104H2O，可推算出呼吸商RQ=114÷157=0.73。
注意：在氧氣充足的情況下，用呼吸商的數值可推斷呼吸底物。但是在低氧的條件下，由于生物體內存在無氧呼吸，特別是以糖類做為呼吸底物時，呼吸商明顯會大于1。因此生物體呼吸作用類型的不同，在一定程度上也影響呼吸商數值的大小。另外，如果呼吸底物是有機酸，因其相對含氧量高，呼吸商也會大于1。
例如：
C6H12O6+6O2→6CO2+6H2O
六碳糖RQ=6÷6=1
蓖麻油RQ=114÷157=0.73