重要的為氧化酶和脫氫酶兩類，脫氫酶尤為重要。
氧化酶為含銅或鐵的蛋白質，能激活分子氧，促進氧對代謝物的直接氧化，只能以氧為受氫體，生成水。重要的有細胞色素氧化酶，可使還原型氧化成氧化型，亦可將氫放出的電子傳遞給分子氧使其活化。心肌中含量甚多。此外還有過氧化物酶、過氧化氫酶等。
脫氫酶分需氧脫氫酶和不需氧脫氫酶。前者可激活代謝物分子中的氫，與分子氧結合，產生過氧化氫。在無分子氧時，可利用亞甲藍為受氫體。需氧脫氫酶皆以FMN或FAD為輔酶。不需氧脫氫酶可激活代謝物分子中的氫，使脫出的氫轉移給遞氫體或非分子氧。一般在無氧或缺氧環境下促進代謝物氧化。大部分以NAD或NADP為輔酶。