在脂肪酸合成中，它為脂肪酸提供二碳單位，將二碳單位加到延長中的脂肪酸碳鏈中。
丙二酰A是在乙酰輔酶A羧化酶的作用下使乙酰輔酶A羧化而形成的。一分子乙酰輔酶A與一分子碳酸氫鹽相結合，其中需要三磷酸腺苷以提供能量。
丙二酰輔酶A被一種稱作丙二酰輔酶A：酰基載體蛋白轉酰基酶（MCAT）用于合成脂肪酸。MCAT負責將丙二酰輔酶A上的丙二酸基團轉移到完全酰基載體蛋白（ACP）末尾的硫醇上。
